Prve tri godine Modrić je nastupao za kadetsku i juniorsku momčad zagrebačkog Dinama u čijem se omladinskom pogonu tada nalazio veliki broj kvalitetnih mladih igrača, među ostalima i Vedran Ćorluka, Eduardo da Silva i Niko Kranjčar. Modrić je s juniorskom momčadi dva puta osvajao naslov prvaka države. 2003. godine posuđen na jednu godinu Zrinjskom iz Mostara, posebno se isticao Modrić koji je odličnim igrama pomogao Zrinjskom u borbi za ostanak u elitnom razredu bosanskohercegovačkog nogometa. Po završetku posudbe, Modrić se vratio u Dinamo i unatoč odličnim nastupima za Zrinjski, čelnici kluba nisu bili impresionirani mladim nogometašem te su ga planirali ostaviti još jednu sezonu na posudbi. Odlične igre Luke Modrića više nisu mogle proći nezapaženo te ga je Dinamova uprava odlučila prijevremeno vratiti s posudbe.